Отзывы современников свидетельствуют о Патриархе Гермогене какчеловеке выдающегося ума и начитанности: «Государь велика разума и смысла и мудра ума», «чуден зело и многаго разсуждения», «зело премудростию украшен и в книжномучении изящен», «о Божественных словесех присно упражняется и вся книги Ветхаго Закона и Новыя Благодати, и уставы церковныя и правила законныя до конца извыче». Святитель Гермоген много занимался в монастырских библиотеках, прежде всего в богатейшей библиотеке Московского Чудова монастыря, где выписывал из древних рукописей ценнейшие исторические сведения, положенные в основу летописных записей. В XVII веке «Воскресенскую летопись» называют летописцем Святейшего Патриарха Гермогена. В сочинениях Предстоятеля Русской Церкви и его архипастырских грамотах постоянно встречаются ссылки на Священное Писание и примеры, взятые из истории, что свидетельствует о глубоком знании Слова Божия и начитанности в церковной письменности того времени. Церковная деятельность характеризовалась внимательным и строгим отношением к богослужению. 3 июля 1606 года в Москве Собором русских иерархов святитель Гермоген был поставлен Патриархом Московским. Оставался сторонником Василия Шуйского, поддерживал его в подавлении восстания южных городов, отчаянно противился его свержению. Был ярым противником семибоярщины, несмотря ни на что, пытался организовать выборы нового царя из русского рода (первым предложил эту должность Михаилу Романову). Скрепя сердце, согласился признать русским царём Владислава Сигизмундовича при условии его православного крещения и вывода польских войск из России. После отказа поляков от выполнения этих условий, стал писать воззвания к Русскому народу, призывая его на борьбу. С декабря 1610 года Патриарх, находясь в заключении, рассылал по городам грамоты с призывом к борьбе с польской интервенцией. Благословил оба ополчения, призванные освободить Москву от поляков. Грамоты, рассылавшиеся Патриархом по городам и селам, возбуждали русский народ к освобождению Москвыот врагов. Москвичи подняли восстание, в ответ на которое поляки подожгли город, а сами укрылись в Кремле. Совместно с некоторыми предателями из бояр они насильно свели святого Патриарха Гермогена с Патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре под стражу. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом ему смертной казнью. Святитель твердо отвечал: «Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру». Уже из заточения Гермоген обратился с последним посланием к русскому народу, благословляя освободительную войну против завоевателей.